Las órdenes religiosas se esparcieron a las diversas regiones de la Nueva España; y en ellas, su cocina conventual aprovechaba los productos de cada tierra. Así se fue creando toda una serie de cocinas regionales, costeñas o de tierra adentro, diversamente ricas pero homogenizadas por el común denominador que a todas les otorga el maíz como base y el chile como condimento de los alimentos.
En los conventos se inventó por primera vez la idea de freír la tortilla en el aceite español. Las chalupas, por ejemplo, que combinan el jitomate indígena y el queso importado, son una clara muestra del mestizaje culinario.
Las cocinas novohispanas se fueron armando a partir del siglo XVI, y para el XVII, estaba sólidamente formado el concepto de la cocina mexicana.
El corazón de esas cocinas era el fogón: un brasero, por lo general adosado a una de las paredes y con varios fuegos, a menudo pintados de color rojo o forrado de azulejos. Al centro de la cocina había una mesa rústica de madera de pino o más fina, donde se preparaban y servían los alimentos; tenían alacenas o vitrinas donde se ponían las ollas y cazuelas, a todo esto se sumaron hachas, cuchillos y recipientes de vidrio para conformar la utilería de la cocina mexicana.
En la cocina novohispana no se tienen datos de que se usara un lugar en específico para el comedor; se comía en donde se podía: la cocina, los corredores en la zona templada o algún salón que se aderezaba especialmente para este efecto cuando había invitados de categoría.
La presencia de las indias molenderas en las cocinas de casi todos los conventos, hasta mediados del siglo XVIII, formó parte del fecundo mestizaje alimentario de los mexicanos.
Sor Juana Inés de la Cruz, no solo fue una de las escritoras mexicanas más importantes del país, ella logró fusionar su amor a las letras con la cocina. Sabia conocedora de la alquimia de la cocina mexicana, que solía preparar un platillo con la misma delectación, genio e ingenio con que escribía un soneto. Su perspicacia la llevó a percatarse, por ejemplo de que “un huevo se une y fríe en la manteca o aceite y, por contrario, se despedaza en el almíbar”, y hasta se atrevió a señalar que “si Aristóteles hubiera guisado, mucho más hubiera escrito”.
Fue una de las primeras personas en escribir un recetario de cocina mexicana. En 1979 se publicó por primera vez un manuscrito que recoge 36 recetas del Claustro de San Jerónimo; este manuscrito había sido una copia realizada por la “Décima musa” y no solo reflejaba la gastronomía barroca del siglo XVII, sino la selección de la poesía de Sor Juana.