El 13 de noviembre, después del desastre en la Batalla de Aculco, los caudillos Miguel Hidalgo y don Ignacio Allende y Unzaga, se separaron en lo violento de la retirada. El primero tomó rumbo a Valladolid (hoy Morelia), y el segundo hacia Guanajuato, para organizar su defensa, habiendo hecho su entrada en este día al frente de tres mil hombres, acompañado de los tenientes generales don Juan Aldama, don Mariano Jiménez; de los mariscales de campo Abasolo, Arias, Ocón y del Lic. Don Ignacio Aldama.
El jefe insurgente Don Ignacio Allende, solicitó a las autoridades de la Villa de León, el envió de maíz, harina y ganado, requerimientos necesarios para satisfacer el hambre generalizada en Guanajuato Capital.
Días después, el 20 de noviembre de 1810, el general Ignacio Allende le envió al cura Hidalgo una carta solicitando apoyo ante un posible combate contra Calleja: “Espero que V. a la mayor brevedad me ponga en marcha las tropas y cañones, o la declaración verdadera de su corazón…”
Allende se prepara ante un combate contra Calleja
Sabedor el general Ignacio Allende, de que las tropas realistas al mando del general Félix María Calleja, se acercan a atacarlo en la ciudad de Guanajuato, plaza ocupada por los insurgentes, intensifica los preparativos de defensa. También había solicitado refuerzos a Hidalgo e Iriarte que se encontraban en el centro del país.
El 24 de noviembre, y tras el triunfo realista al mando del general Félix María Calleja, en Aculco, Estado de México, llegó con su ejército fortalecido a la ciudad de Guanajuato y ataca a los insurgentes; Calleja al dividir su ejército en dos columnas poco a poco fue tomando la plaza.
Ese mismo día, el insurgente don Ignacio Allende, abandona la ciudad de Guanajuato, después de la sangrienta y enconada batalla con los sitiadores realistas que dirigía Félix María Calleja. Allende sale rumbo a San Felipe.
El 26 de noviembre, Ignacio Allende se une en San Felipe, Guanajuato, con el insurgente Rafael Iriarte, para dirigirse ambos a Aguascalientes; pero antes de llegar a esta ciudad los dos jefes insurgentes se separaron. Allende se dedicó en disciplinar a su tropa y adiestrándola en el manejo de la artillería.
Insurgentes pierden en la Batalla del Puente de Calderón, Allende reprocha a Hidalgo lo sucedido
Previo a la Batalla del Puente de Calderón, el 14 de enero de 1811, el Ejército Insurgente salió de Guadalajara, yendo al frente Ignacio Allende e Hidalgo, cubriendo la retaguardia don José Antonio Torres, conquistador de Guadalajara. Acamparon esa noche en las llanuras inmediatas al Puente de Calderón.
Batalla del Puente de Calderón
El 16 de enero, Don Miguel Hidalgo y don Ignacio Allende, al mando de las tropas insurgentes, que ascendía a algo más de noventa mil hombres, se enfrentaron al ejército realista del Félix María Calleja, que oscilaban entre los ocho mil efectivos, pero su armamento y su disciplina eran inmejorables. Así se dio la batalla y los realistas terminaron ocupando el Puente de Calderón, logrando una ventaja posicional.
La batalla que continua hasta el día siguiente, y tras de seis horas de intenso combate, la batalla se inclinó a favor del ejército español, obteniendo armas, municiones, víveres y dinero. Luego de este triunfo, que acaba con el principal núcleo insurgente, Calleja ocupó Guadalajara, dándose así terminada la primera parte de la guerra de Independencia.
Ignacio Allende reprocha a Hidalgo batallas perdidas
Luego de las batallas perdidas, el 24 de enero de 1811, Don Miguel Hidalgo sale de San José de Gracia, Aguascalientes, rumbo a la hacienda de San Blas de Pabellón.
Se reúne ahí con el sanmiguelense Ignacio Allende, quien le hace una serie de reproches apoyado por otros jefes por el fracaso del Puente de Calderón, por empeñarse en decisiones equivocadas, como en Aculco, por su mando autocrático.