Durante la presidencia de Plutarco Elías Calles, se dieron pasos importantes en la consolidación del Estado mexicano. Fue un periodo en que el grupo gobernante logró establecer las bases para mantenerse en el poder, imponiendo formas de dominación lo suficientemente fuertes. En ese sentido, Calles utilizó el aparato institucional para someter a la Iglesia Católica para que ésta aceptara el nuevo pacto social resultante de la Revolución. Por lo tanto, la Guerra Cristera debe ser comprendida como un momento del proceso de centralización del poder político del Estado, en concordancia con las nuevas formas emanadas de la Carta Magna de 1917.
Ulises Molina Nieto refiere, en su tesis de licenciatura, que la Iglesia Católica se convirtió, durante el gobierno de Calles, en uno de los grandes obstáculos a vencer para alcanzar la centralización estatal. Para someterla, Calles se valió de numerosos medios, entre ellos la creación de una iglesia nacional: la Iglesia Católica Apostólica Mexicana, que planteaba una independencia frente al Vaticano, por tanto subordinada al Estado mexicano.
El conflicto entre la Iglesia y el Estado se fue agudizando al iniciar 1926, ya que el gobierno mexicano expulsó a varios sacerdotes extranjeros y cerró conventos y colegios, debido a que los religiosos no acataron un nuevo reglamento que imposibilitaba la existencia de las escuelas católicas. Finalmente, como una forma de hacer frente a la acción política de la jerarquía eclesiástica, el gobierno de Calles publicó el 2 julio de 1926 la Ley reformando el Código Penal para el Distrito Federal y Territorios Federales sobre delitos de fuero común y delitos contra la Federación en materia de culto religioso y disciplina externa, mejor conocida como Ley Calles.
La nueva disposición entraría en vigor el 31 de julio. Como respuesta, la Iglesia Católica emitió una Carta pastoral colectiva del episcopado mexicano el 25 de julio, para suspender los cultos en el momento en que el Decreto entrara en vigor. En dicho documento se argumentó:
En la Carta la iglesia llamó a sus feligreses a luchar para derogar, por todos los medios lícitos y pacíficos, las “leyes que a vosotros y a vuestros hijos arrebatan el tesoro necesario e inestimable de la vida religiosa”. El llamado no fue escuchado y las acciones armadas de los grupos religiosos se extendieron por varios estados del país, principalmente por el occidente de México.
Los feligreses se pronunciaron y levantaron en armas al grito de ¡Viva Cristo Rey! en contra de la Constitución de 1917, en específico contra el Artículo 3º que prohibía a las corporaciones religiosas y a sus ministros establecer o dirigir escuelas de instrucción primaria, el 5º que prohibía los votos monásticos y las órdenes religiosas, el 24 que prohibía los actos de culto externo, el 27 que prohibía a las asociaciones religiosas denominadas iglesias, adquirir, poseer o administrar bienes raíces y el 130 que era la base de reglamentación de la Ley Calles.
El conflicto religioso conocido como Guerra Cristera, se resolvería hasta junio de 1929, como resultado de las negociaciones entre el gobierno mexicano, la jerarquía católica mexicana y el Vaticano; y de Estados Unidos a través de los oficios del embajador Dwight Morrow. Sumado al carácter religioso del conflicto, Raúl Trejo Delarbre menciona que sus orígenes deben buscarse en “la situación de los campesinos que protagonizaron la rebelión (…), pues en los primeros años la reforma agraria benefició más a los grandes terratenientes que a los pequeños campesinos. Se puede decir que los campesinos cristeros no conocieron del Estado más que la corrupción, la injusticia, la inutilidad y la violencia”.
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