Había nacido en la Hacienda de La Gavia (Romita, Gto.) en el año de 1780 y fue bautizado con el nombre de José María Nestorio. Siendo sus padres Don Manuel Liceaga y Doña María Josefa Reyna. Tras la muerte de su padre, ocurrida a principios de 1787, Doña María Josefa casó con el rico peninsular Juan Francisco de Villamor, oriundo de Burgos, España, dueño de la hacienda de San Juan de Gavia. Dueño también de otras fincas agrícolas en la jurisdicción de León.
Se dedicó a la carrera de las armas y empezó como cadete del Regimiento de Dragones de México, cuando estalló la revolución de Dolores, en 1810.
Cuando abrazó la causa de la independencia, alcanzó el grado de Capitán. José María le informó al Cura Hidalgo que en Guanajuato no había quien supiera hacer las charreteras, por lo que debía hacerlo Teniente Coronel. José María después de la victoria de la Alhóndiga, ya era Teniente Coronel.
Desde ese día siguió a los primeros jefes, se cree que estuvo en las acciones de las Cruces y Aculco, retirándose después a Guanajuato, de donde tuvo que salir cuando Calleja atacó la plaza. Pasó por Zacatecas y Guadalajara con Allende y se halló presente en puente de Calderón; por su calidad de subalterno no se permitía que se hiciese mención de él; sin embargo, la confianza que en él llegaron a tener los primeros jefes, se demuestra con el hecho de que en el Saltillo fue declarado adjunto de Rayón en el mando del ejército cuando se decidió que éste siguiese la revolución en el interior. Durante la retirada hasta Zacatecas, se limitó a ir a las órdenes de aquel jefe y al atacar esa cuidad fue rechazado con la partida que estaba a sus órdenes.
Liceaga concurrió al ataque de Valladolid del 2 de junio de 1811; siguiendo a Rayón anduvo por Tuzantla y el sur de la provincia, hasta que ambos llegaron a Zitácuaro, donde se ocuparon en organizar la Junta. Rayón se reservó el cargo de Presidente de ella y dejó los de Vocales para don José María Liceaga y el Dr. don Sixto Verduzco.
Durante un tiempo Liceaga no se ocupó de combatir, y en unión con Verduzco, empezó a hostilizar a Rayón por haberse declarado Presidente perpetuo de la Junta. Después de la toma de Zitácuaro, la Junta se refugió con Tlalchapa y Sultepec, pero habiendo sido derrotado Rayón en Tenango, los miembros de la Junta resolvieron su separación. Liceaga salió con rumbo a Guanajuato, con el título de General de las provincias del Norte
Fue atacado y derrotado por el realista Agustín de Iturbide en Valle de Santiago y el realista García Conde, le acosó hasta que aquel se refugió en unas islas de la laguna de Yuririapúndaro (Yuriria). Liceaga las creía inquebrantable. Agustín de Iturbide derrotó a las fuerzas rebeldes y destruyó el Fuerte de la Isla de Liceaga el 1 de noviembre de 1812.
Liceaga se dirigió Chilpancingo, en septiembre de 1813, y fue uno de los que subscribieron la declaración de Independencia hecha por el Congreso; en febrero de 1814, fue su presidente; el 22 de octubre de ese año subscribió la Constitución. A fines del año 1818, fue asesinado por un bandolero llamado Juan Ríos.
