Por los años de 1808 y 1810, surgieron las primeras juntas que conspiraban en contra del virreinato. Entre las más importantes se encuentran la de Valladolid, el líder fue José Mariano Michelena y la de Querétaro, al frente el corregidor Miguel Domínguez y su esposa Josefa Ortiz de Domínguez.
Conjura de Valladolid
Esta junta comenzó a organizarse en septiembre de 1809 en la capital del obispado y de la provincia de Michoacán. Tuvo como líder a José Mariano Michelena, teniente del Regimiento de Infantería de Línea de la Corona, junto con el capitán del Regimiento de Infantería de Valladolid, José María García Obeso y el fraile franciscano Vicente de Santa María, entre otros.
La conspiración abordaba dos puntos específicos:
1. Se planteaba que, si España sucumbía ante el ejército francés, los americanos podrían resistir y conservar la Nueva España para el legítimo soberano, Fernando VII;
2. Que, si por defender el reino se les perseguía debían, buscar los medios de protegerse y sostenerse.
Para lograrlo contaban con el apoyo del Regimiento Provincial de Infantería, además de las tropas que mandaba Michelena y con los indios de pueblos cercanos. Esperaba levantarse de dieciocho a veinte mil indios y castas con la promesa de abolir el tributo.
La conspiración fue descubierta el 21 de diciembre de 1809 y fueron capturados los principales miembros, quienes declararon que lo único que pretendían era defender los derechos del soberano Fernando VII, y hacer todo lo necesario para evitar que los peninsulares residentes en Nueva España entregaran el reino a los franceses. El virrey Javier Lizana y Beaumont ordenó que fueran liberados.
