Era originario del rancho de la Pachona, en el Partido de Pinos, Zacatecas. Fue hermano de los también insurgentes Matías y Francisco, mejor conocidos como “Los Pachones”. Se ignora la época en que se adhirieron a la causa de la Independencia.
El nombre de Encarnación Ortiz era frecuentemente mencionado en muchos partes de los jefes y de las autoridades realistas, que venían en él a un insurgente temible y peligroso, a quien era preciso destruir por todos los medios posibles, como terminantemente se lo indicaba el Virrey al Comandante don Francisco Orrantia, cuando éste le comunicó que, habiendo ofrecido la gracia de indulto al intrépido Encarnación, le había contestado rechazado con altivez y con desprecio dicha gracia. Por tanto, el Virrey Calleja decía a Orrantia que era necesario perseguirlo hasta que pagara en el suplicio “los males que había causado a la patria”, (febrero de 1815).
La táctica de Ortiz era similar a la que empleaban Albino García y Andrés Delgado, “El Giro”: ataques bruscos en intempestivo, la emboscada, la guerra en pequeñas partidas, a fin de inquietar constantemente al enemigo y hostilizarlo donde la ocasión se presentaba. Sin embargo, no fue solamente ésta la manera con que Encarnación peleaba contra los realistas, sino más bien los combates serios o formales, pues al lado de Don Víctor Rosales, Don Pedro Moreno y del inmortal Mina, se distinguió tomando parte en varios hechos de armas notables, como los ataques a Guanajuato, los sitios de los Remedios y de San Miguel, etc.
Ortiz y su hermano Francisco escogieron como punto para fortalecer la Mesa de los Caballos, cercana a San Felipe, donde erigieron el fuerte de San Miguel. El Coronel Ordóñez recibió orden de tomar ese punto, cuyas defensas naturales habían sido mal reforzadas y se presentó el 4 de marzo de 1817, siendo rechazado y sufriendo gran pérdida; regresó el día 10 llevando 1,500 hombres, que dividió en tres columnas, y aunque encontró una resistencia desesperada, consiguió apoderarse del punto. Los Ortiz y algunos jefes consiguieron escapar.
Por aquellos días Mina realizaba su legendaria expedición, a los pocos días de haberse puesto en contacto con los dos hermanos Ortiz, se le unieron lealmente al caudillo navarro y lo acompañaron en todas sus campañas.
Aprehendido y fusilado el caudillo navarro, siguió el “Pachón” obedeciendo a la Junta de Jaujilla y al padre Torres, y en tal virtud combatió al lado de él contra Bustamante en el Rancho de los Frijoles el 28 de abril de 1818. Una vez muerto el sacerdote e indultados otros guerrilleros, Ortiz se vio en muchas dificultades y temporalmente abandonó Guanajuato. El último combate que sostuvo con los realistas ocurrió el 21 de noviembre de 1819, en la hacienda del Pabellón, Aguascalientes, contra el Teniente Ures, al que derrotó, causándole una baja de 96 soldados y jefes pertenecientes al Batallón peninsular de Barcelona.
Tenía entonces Ortiz el grado de Coronel y el nombramiento de Comandante General de la Sierra Alta y de la provincia de San Luis Potosí. Se unió a varios cabecillas que quedaban, para proseguir su campaña, pero diversas circunstancias lo obligaron a solicitar el indulto.
Para el año de 1820, Ortiz había escrito a su hermano Francisco, excitándolo a que también se acogiera a la gracia de indulto, e igualmente se ocupó de dirigir aviso a todos los que se nombraban americanos, exponiéndoles los motivos que lo impulsaron a someterse a la autoridad del Rey, recomendándoles secundaran su ejemplo para que así se pusieran a cubierto de los males que les esperaban y de las duras penas a que pudieran hacerse acreedores por su rebeldía.
El 19 de agosto de 1821, al hacer un reconocimiento las fuerzas de Bustamante, tropezaron con un destacamento realista y trataron de hacerse fuertes, originándose de aquí que se trabase la acción en el pueblo de Azcapotzalco; Bustamante, siguiendo las órdenes de Iturbide, quiso retirarse, cuando se enteró de la refriega, pero trató tanto de llevarse un cañón, cuyos artilleros habían muerto, para lo cual encargó a Ortiz que lo lanzara y estirara en unión de varios dragones. Estaba en esa operación cuando Ortiz recibió un balazo disparado desde una azotea cercana, y murió a los pocos momentos. El cadáver del Pachón recibió sepultura en el cementerio de la Parroquia de Azcapotzalco.
