Nació en Valladolid, el 14 de julio de 1777, y sus padres don José Lino Villalongín y doña María de la Luz Navarro y Camino, eran personas de buena posición social y perfectamente relacionadas en su ciudad natal. Fue su padrino el doctor don José Manuel de Herrera, que después había de figurar en la revolución. El niño Manuel hizo sus primeros estudios en un colegio particular y enseguida se dedicó a las labores del campo en una finca rústica propiedad de su familia; la tradición refiere que era un buen charro, muy perito en los deportes que tienen relación con el arte de montar a caballo. En 1802 contrajo matrimonio con la señorita Josefa Huerta, perteneciente a una de las principales familias de la ciudad, y tuvo varios hijos cuyos descendientes vienen Morelia.
“Villalongín era de un carácter entusiasta, fogoso y activo”, dice el único biógrafo que ha tenido, y estos sentimientos lo impulsaron lanzarse a la revolución cuando el Cura Hidalgo llegó a Valladolid después de lo de Aculco; seguido de algunos mozos de sus fincas, se unió al caudillo cuando esté salió para Guadalajara, dejando a su esposa e hijos en Valladolid.
Con el título de Mariscal de campo que le confirió el Generalísimo, tomó parte en la acción del puente de Calderón a las órdenes de Torres, que mandaba las divisiones de Michoacán y Nueva Galicia. Derrotados los insurgentes, que confiados en obtener la victoria, ni siquiera habían designado de antemano un punto de reunión en caso de derrota. Los diversos cuerpos que componían el ejército se disgregaron, y cada jefe tomó el rumbo que le pareció más conveniente.
Villalongín se dirigió a Michoacán, cuyo territorio le era más conocido y que tan admirablemente se presta para la guerra de guerrillas, sistema que instintivamente adoptaron todos los jefes nativos de ella como Muñiz, Navarrete, López Rayón, etcétera; los que tan pronto unidos como separadamente consiguieron que en 7 años el Gobierno español no poseyese de la provincia más que la capital, que se veía amenazada de continuo. Villalongín formó parte en los varios ataques que dieron a Valladolid los diversos jefes insurgentes que merodeaban en la provincia, y no podía haber faltado al del 22 de diciembre de 1813, dado por Morelos, y que tuvo un éxito tan desgraciado. En uno de ellos, Villalongín realizó por su cuenta una hazaña que pudo haberlo hecho dueño de la plaza si lo hubieran meditado más, y si hubiera reunido algunas tropas más de las que disponía, sucedió el caso en el mes de septiembre de 1811.
Hemos dicho que el insurgente dejó a su familia en Valladolid, creyendo que allí estaría segura y que las autoridades coloniales no cometerían ningún desafuero con una señora y unos niños pequeños que en nada se mezclaban en los asuntos públicos, pero se equivocó, pues el Intendente Trujillo, el derrotado de Las Cruces, persiguió a la señora de mil modos y al final la envió en calidad de presa a la casa de Las Recogidas, notificando que si su marido no se presentaba en determinado plazo a solicitar el indulto la fusilería. Sabedor Villalongín de esta amenaza, se dirigió sobre Valladolid de donde a la sazón estaba ausente Trujillo; con la corta fuerza que mandaba se presentó repentinamente en la garita del Zapote, haciendo huir al retén que había allí y penetró a la ciudad, llegó con su asistente a la casa de Las Recogidas, sacó a su esposa sin que la guarnición hubiera tenido tiempo de reponerse de la sorpresa; ya en la garita espero Villalongín al escuadrón que el Comandante Solá destacó contra él y le hizo frente mientras la señora era puesta a salvo y consiguió rechazarlo agregando a la astucia la burla, pues dio orden a sus soldados que azotasen a cintarazos los caballos de sus enemigos, ya que por ser tan corta la fuerza no podía hacer prisioneros. Solá creyó perdida la población y antes de evacuarla quiso tentar el último recurso llamando violentamente a Linares que iba camino de Zamora, y que a marchas forzadas, regresó a Valladolid. Villalongín después de permanecer casi todo el día en la garita conquistada se retiró sin ser perseguido.
Esta hazaña le dio mucha fama en la provincia que hizo que los Comandantes realistas lo persiguiesen con insistencia muchas ocasiones pero en todas consiguió escapar; sin embargo, después de la derrota de Puruarán, la revolución declinó visiblemente y uno tras otro fueron muriendo o cayendo prisioneros.
En octubre de 1814 se encontraba en Puruándiro con una gruesa partida de tropas disponiéndose a internarse por el sur cuándo Iturbide formó el plan de capturarlo; de la hacienda de Pantoja marchó a Yuriria, hizo una serie de movimientos incomprensibles al parecer, pero que tenían por objeto inspirar confianza a aquél, cuando lo creyó conveniente despachó al Teniente Coronel Felipe Castañón a Puruándiro, dándole instrucciones para que llegase el 2 de noviembre, día que por la solemnidad religiosa que se celebra, los insurgentes habían de estar descuidados. Así se hizo y en la madrugada de ese día el jefe realista sorprendió a los del campo insurgente que no tuvieron ni tiempo de defenderse, los que no tuvieron tiempo de huir completamente desarmados, murieron a manos de los asaltantes, y entre ellos, se contó Villalongín; no obstante que vendió cara su vida. Con él perecieron 64 de sus subordinados y su muerte ayudó mucho a la pacificación de la provincia.
La plazuela de las Ánimas, de Morelia, ensanchada, se llama hoy de Villalongín, así como una calle de Puruándiro.
Fuentes: Biografías de los Héroes y Caudillos de la Independencia. Tomo II. Alejandro Villaseñor y Villaseñor. Editorial Jus, S.A. / Michoacán Histórico.