Bernal Díaz de Luco, el amigo de Vasco de Quiroga dentro del Consejo de Indias y destinario de la información en derecho, consiguió una carta de la emperatriz (el 5 de octubre de 1536) para entregarla a fray Bernardino de Minaya, quien viajó a Roma con el fin de entrevistarse con el Papa Paulo III. La gestión de Minaya, junto con la carta enviada por fray Julián Garcés al pontífice —que debió recibir por las mismas fechas—, con el fin de defender la capacidad de los indios, fueron los fundamentos para la bula Sublimis Deus (2 de junio de 1537) y otras disposiciones papeles en favor de la libertad de los naturales del Nuevo Mundo, junto con una declaración de derechos personales y patrimoniales. Además, Minaya obtuvo otra carta para Juan de Tavera, cardenal de Toledo y mentor de Quiroga, en donde se le encomendaba la protección de los indios.
En 24 de febrero de 1536, la corona ordenó que ningún cacique o principal pudiera esclavizar, herrar o vender a indígena alguno por la comisión de delitos, ni podrían los españoles comprarlos, bajo la pena de perder a los cautivos y pagar cuatro veces su valor. Al reiterar esta orden, en noviembre de 1540, se derogó de manera definitiva la posibilidad de hacer esclavos de rescate. El 30 de marzo de 1536 se ordenó juzgar al esclavista y gobernador de la Nueva Galicia, Nuño de Guzmán, por diversas violaciones a la legislación española y mantener en cautiverio de manera ilegal a gran cantidad de indios. La esclavitud de los indios se abolió en definitivamente con las Leyes Nuevas del 22 de noviembre de 1542.
El método de conversión utilizado por Quiroga con los indios purépechas, no solo comprobó una vez más la eficacia del buen ejemplo de la vida cristiana, sino también otra lección de Erasmo de Rotterdam, contenida en el Enquiridición o Manual del soldado cristiano (1523): El doctor que desea erradicar una enfermedad, no debe matar al paciente para conseguir su objetivo, sino solamente combatir los vicios o enfermedades. “Cuanto más grave es la enfermedad, mayor cuidado ha de poner la caridad. Supón que un hombre es adúltero, no al hombre; desprecie el sacrilegio, no al hombre; mate al turco, no al hombre”.
