La junta de representantes había designado como presidente al General Félix Zuloaga, quien tomó posesión del cargo el 23 de enero de 1858, iniciándose con este evento las hostilidades entre el gobierno liberal, que velaba por preservar la constitucionalidad, y el otro gobierno de corte conservador, suscitándose constantes enfrentamientos.
El 28 de enero de 1858, el presidente interino, Félix Zuloaga deroga la Ley Lerdo, la Ley Juárez y la Ley Iglesias. En el decreto que expidió declaró nulos y de ningún valor los decretos respecto de los bienes de la iglesia, mandando se devolvieran todos los inmuebles y demás posesiones que se les habían quitado.
Por su parte, Miramón contrató con el banquero suizo Juan Bautista Jecker un empréstito por 15 millones de pesos, de los cuales sólo recibió 750 mil. Esta negociación fue desconocida por el gobierno legítimo y su reclamación en 1861 dio pie al inicio de la Intervención Francesa.