Para el año de 1818 la mayoría de los insurgentes estaban muertos, presos o indultados: solo seguían combatiendo Vicente Guerrero y Pedro Ascencio Alquisiras, en el sur.
En marzo del mismo año, la Junta de Jaujilla nombró al General Vicente Guerrero como jefe de las Tropas del Sur, motivándolo a levantar nuevas fuerzas, organizar las ya existentes y a construir un fuerte en el cerro de Santiago, al que dio el nombre de Barrabás, ubicado cerca de Zirándaro, Guerrero.
Otra de las dificultades que tuvo que afrontar el general Guerrero fue la traición de sus oficiales, ya que varios de ellos se pusieron de acuerdo con el Brigadier Armijo para cercarlo en el campamento de San Gregorio, y al darse cuenta de la traición logró escapar. Sin embargo, una gran cantidad de sus oficiales y soldados, fueron capturados y fusilados por Armijo.
En el año de 1819 las tropas de Guerrero, junto con las de Pedro Alquisiras, no daban momento de descanso a los realistas, atacándolos con gran rapidez y moviéndose de un punto a otro. El virrey Apodaca, al darse cuenta que el Brigadier Armijo no podía controlar la situación del sur, lo destituyó del cargo y nombró en su lugar al coronel Agustín de Iturbide.
“Al norte de la sierra de Guanajuato, el teniente coronel realista Gregorio Arana, con soldados del regimiento de Zamora, perseguía a los Pachones, que varias veces estuvieron en los Altos de Ibarra y en terrenos de la villa de Lagos, en donde también eran perseguidos por el comandante Hermenegildo Revuelta”, menciona el Cronista de la ciudad de Guanajuato, Isauro Rionda Arreguín (+) en su trabajo la “Consumación de la Revolución de Independencia en la Intendencia de Guanajuato. 1818-1821”.
La guerra de guerrillas también perdió entre 1819 y 1820 bastantes simpatías entre la población de la región. La principal razón eran los mecanismos que utilizaban los guerrilleros para financiar su causa.
En algunos casos tenían el apoyo de administradores de haciendas o de comisionados en haciendas. También de ranchos y pueblos controlados por la insurgencia y se consideraba que ello representaba la lealtad y el patriotismo a la causa.
En otros casos se hacía labor de inteligencia que permitía identificar de donde se podía obtener apoyo y peor aún, en muchas ocasiones era el saqueo de haciendas y ranchos, el robo de ganado o de objetos valiosos en los poblados el mecanismo para hacerse de recursos.
