Durante la travesía el ejército y el gobierno liberal sufrieron severas derrotas a manos de los conservadores en Puerto de Carretas, Atenquique, Ahualulco y Barranca de Beltrán, bajo el mando, en la primera batalla, de Luis G. Osollo y del general Miguel Miramón.
El día 24 marzo de 1858, Juárez estuvo en la Hacienda de los Mesones (Atenquique) para después partir a Tonila.
Para el 25 de marzo de 1858, el presidente y su comitiva llegaron a Zalatón de Juárez, en la ciudad de Colima, con la finalidad de asearse en los márgenes del Río Manrique, hasta el lugar llegó Ricardo Palacio, quien era el gobernador, convirtiéndose en anfitrión durante los 13 días que duró su estadía en la capital. Pernoctaron en la casa de Assam, ubicada en la calle Zaragoza.
Posteriormente, Benito Juárez se instaló formalmente en el Palacio de Gobierno, que desde ese momento pasó a ser el Palacio Nacional. Durante su estadía en Colima, Juárez fue informado de que el secretario de Guerra y Marina, Anastasio Parrodi, se había cambiado al bando conservador.
Ante tal situación, el Presidente nombró a Santos Degollado como Jefe de las Fuerzas Armadas del Ejército Republicano.
