Con la captura de José María Morelos el movimiento independentista se vio debilitado, pues en ese momento se perdió a uno de sus principales líderes militares.
A principios del mes de noviembre de 1815, con la finalidad de poner a salvo al Congreso de Apatzingán, del constante acoso del ejército realista, José María Morelos decidió emigrar de Uruapan y trasladarlo a Tehuacán, Puebla.
Tras un largo corrido, Morelos decide descansar con sus tropas en el poblado de Temalaca, entonces Guerrero, actualmente del estado de Puebla. Las tropas virreinales que acampaban en el municipio de Tenango del Río, se enteraron que los insurgentes seguían la ruta del río Mezcala rumbo a Tehuacán, encabezados por Morelos, Nicolás Bravo y José María Lobato, buscando un refugio donde descansar.
Al amanecer del 5 de noviembre de 1815, los realistas empezaron la persecución. Al salir hacia Pilcaya, José María Morelos fue alcanzado y atacado por la columna de Manuel de la Concha, en Temalaca, y superado en número de soldados y armas fue hecho prisionero por Matías Carrasco, antiguo insurgente. Los miembros del Congreso lograron escapar.
Morelos fue conducido a la Ciudad de México, siendo sometido a un juicio militar y eclesiástico. Entre los cargos que se le imputaron se encontraban: “alta traición”, por el Gobierno Virreinal, así como “hereje, deísta y traidor de lesa majestad”.
Se le condenó a la pena de muerte y el Gobierno Virreinal ordenó ejecutarlo fuera de la Ciudad de México.
El 22 de diciembre de 1815, fue conducido a San Cristóbal Ecatepec, ahí lo fusilaron y sepultado en la parroquia de la localidad.
Tras la muerte del ‘Siervo de la Nación’, el Congreso de Chilpancingo se disolvió, la Constitución de Apatzingán se suprimió y el gobierno realista dio por terminado el movimiento independentista
