El 28 de enero de 1792, toma posesión de la Intendencia de Guanajuato Juan Antonio de Riaño y Bárcena importante impulsor de la instrucción pública en la región; su presencia motivó cambios en el Colegio, el cual fue reabierto al 8 de diciembre de 1796, justo el día que se celebra a la Purísima Concepción.
Se debe al intendente Riaño y a su esposa Victoria Saint-Maxent, la introducción de los estudios del francés y su literatura, y por primera vez la enseñanza de las matemáticas, física y química en el Colegio. Estas cátedras fueron impartidas por José Antonio Rojas, estudiante del Colegio de Minería.
Tras haber sustituido en su cátedra de matemáticas al eminente José Antonio Rojas, en 1806, el ingeniero minero Rafael Dávalos la ocupó hasta el estallido de la guerra de Independencia, durante la cual fue fusilado por las tropas realistas de Calleja.
El primer rector de los filipenses fue Mariano Ramírez, durante su rectorado se estableció en el Colegio, por primera vez, el internado el 29 de junio de 1798.
Dadas las precarias condiciones del Colegio y los pocos resultados de los filipenses, Juan Antonio de Riaño y Bárcena propuso el cierre del Colegio en el año de 1801.
La lucha por la Independencia terminó con la vida del intendente Antonio de Riaño, que muere en la batalla del 28 de septiembre de 1810 junto a su hijo mayor Gilberto Manuel, defendiendo la Alhóndiga de Granaditas que él con tanto celo dejó construir, testimonio de su buen gobierno y orgullo de la ciudad.
