Muchos especialistas de la historia de la masonería han afirmado que el Cura Hidalgo fue masón y que ingresó a las logias con Ignacio Allende.
Las hipótesis son las siguientes:
Para José María Mateos (Historia de la Masonería en México desde 1806 hasta 1884, México, 1884), la masonería se introdujo en México en 1806. En ese año, por iniciativa del señor Enrique Muñí, se fundó una logia en la calle de las Ratas No. 4 (hoy Bolívar 73), domicilio particular del regidor Manuel Cuevas Moreno de Monroy Guerrero y Luyando. Pertenecían a esta logia el propio Manuel Cuevas; el marqués de Uluapa, José María Espinosa; Francisco Primo de Verdad y Ramos (1760-1808); Juan Francisco Azcarate y Ledezma (1767-1831); Gregorio Martínez, Feliciano Vargas; Miguel Betancourt; Ignacio Moreno, Miguel Domínguez; Miguel Hidalgo e Ignacio Allende.
Un vecino, habitante de la casa número 2, de apellido Cabo Franco, denunció la existencia de la logia. Muchos fueron aprehendidos y Primo de Verdad amaneció muerto en su celda el 4 de octubre de 1808. Dice Mateos (p. 12) que los masones de esa logia empezaron a reunirse en El Pensil, casa de campo de Manuel Cuevas, en el pueblo de San Juanico, hasta caer poco a poco en la disolución. Es en esa logia (Mateos no menciona el nombre, ni el rito, ni su número progresivo en el catálogo general) donde Hidalgo y Allende “vinieron expresamente a recibirse masones y posaron en la casa No 5, de la misma calle de las Ratas, en donde vivía un señor llamado Lindo” y, para Mateos, ella “fue el foco donde comenzó a organizarse la independencia de México”.
Para el doctor Richard E. Chism (Una contribución a la Historia Masónica de México, 1899) la versión de Mateos le parece consistente, pero llega más lejos al pretender establecer el rito al que pertenecía la logia. Sostiene que las primeras logias españolas se fundaron en 1728 y eran el rito de York y da por “casi cierto” que de alguna de estas logias españolas hayan procedido los introductores de la masonería en la Nueva España. Se sabe además que Carlos III de Borbón y el Virrey de Revillagigedo (1789-1794) fueron masones.
En la obra América Peligra (de Salvador Borrego) existe un dato que brinda una referencia más reciente: la calle de Las Ratas es precisamente la actual (1964) de Bolívar 73, pero la presunta filiación de Hidalgo es “un truco publicitario” de la masonería. Le parece más exacto a Borrego (p.96) que Hidalgo haya tenido con un agente francés (napoleónico) llamado Octaviano D’Alvimar, en enero de 1809. Se sabe también que en el juicio que el Santo Oficio de la Inquisición entabló contra Hidalgo poco o nada se le pudo encontrar acerca de un posible pasado masónico, pero los datos no se agotan ahí.
Diversos autores han afirmado que para 1791 Hidalgo había sido acusado de herejía y de mantener relaciones con Manuel Ramos Pichardo, de la que tenía a Lino Mariano y a Agustín como productos. En Julio de 1800 los curas mercedarios Joaquín Huesca y Manuel Estrada le acusaron de asistir a “tenidas diabólicas” en una logia en el callejón del El Sapo (calles de Victoria en la Ciudad de México). La causa fue reanudada en septiembre de 1810 y el 7 de febrero de 1811 el inquisidor fiscal Manuel de Flores presentó formal denuncia contra Hidalgo a grado de que la iglesia católica lo excomulgó.
Dentro de los que consideran serias dificultades para suponer a un Hidalgo masón se halla Luis Zalce (Apuntes para la historia de la masonería en México, 1950). Todo el capítulo II del primer tomo de sus Apuntes… se dedica a los pros y los contras de la hipótesis concluyendo que no hay elementos para suponerlo miembro de las logias. Dice al final; “Aceptamos la repuesta negativa sobre el masonismo de Hidalgo” ante la imposibilidad de tener certidumbre a más de siglo y medio (1950) de los hechos.
